problem z artykułem

Kategoria: O rozlicznych genow manifestacjach.

Wersja archiwalna tematu "problem z artykułem" z forum O rozlicznych genow manifestacjach.



Lamesz
18-07-2009, 12:02:02
Witam!

Czy jest na sali ktoś, kto ma dostęp do Science i mi pomoże zrozumieć 
taki jeden myk z artykułu: ?

www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/325/5936/73

Na samym początku str. 76 opisywane jest selektywne wiązanie się 
określonych tioestrów nukleobaz ze szkieletem peptydowym (Glu-Cys-...) - 
(czyli chyba wiązanie a la mostek siarczkowy?) w obecności określonego 
typu oligonukleotydu (np. TTTTTTTTTT albo CCCCCCCCCC)... Tak czy inaczej 
nie do końca rozumiem, jaka tam jest kolejność wiązania i w jaki sposób 
właściwa owa specyficzność ma być wymuszona.

Mam pisać więcej?

Pozdrawiam,
Lamesz
Lamesz
19-07-2009, 19:19:12
Lamesz pisze:
> Witam!
> 
> Czy jest na sali ktoś...

No ludzie złoci, nie mówcie, że macie wakacje... ;>

Pozdrawiam,
Lamesz
marecki
19-07-2009, 19:24:55
Lamesz pisze:
> Lamesz pisze:
>> Witam!
>>
>> Czy jest na sali ktoś...
> 
> No ludzie złoci, nie mówcie, że macie wakacje... ;>

Nie mam dostępu do tego artykułu. Jeśli możesz podeślij mi go na emalie.
Lamesz
19-07-2009, 20:23:56
marecki pisze:
> Lamesz pisze:
>> Lamesz pisze:
>>> Witam!
>>>
>>> Czy jest na sali ktoś...
>>
>> No ludzie złoci, nie mówcie, że macie wakacje... ;>
> 
> Nie mam dostępu do tego artykułu. Jeśli możesz podeślij mi go na emalie.

Poszło. Artykuł jest ciekawy swoją drogą, bo pokazuje w działaniu 
polimer naturalnie łączący ze sobą białka z kwasami nukleinowymi; 
Autorzy nie kryją, że chodzi im także o kwestie abiogenezy. Tylko sam 
moment selektywnego wiązania monomerów nie do końca mnie przekonuje, bo 
trochę chyba nie widzę kolejności, w jakiej wiążą się ze sobą 
składniki.. no ale to już w tekście.

Pozdrawiam,
Lamesz
marecki
19-07-2009, 21:42:39
Lamesz pisze:
> marecki pisze:
>> Lamesz pisze:
>>> Lamesz pisze:
>>>> Witam!
>>>>
>>>> Czy jest na sali ktoś...
>>>
>>> No ludzie złoci, nie mówcie, że macie wakacje... ;>
>>
>> Nie mam dostępu do tego artykułu. Jeśli możesz podeślij mi go na emalie.
> 
> Poszło. Artykuł jest ciekawy swoją drogą, bo pokazuje w działaniu 
> polimer naturalnie łączący ze sobą białka z kwasami nukleinowymi; 
> Autorzy nie kryją, że chodzi im także o kwestie abiogenezy. Tylko sam 
> moment selektywnego wiązania monomerów nie do końca mnie przekonuje, bo 
> trochę chyba nie widzę kolejności, w jakiej wiążą się ze sobą 
> składniki.. no ale to już w tekście.

Wnioski z tego artykułu są dwa: 1 Obecność oligonukletydów w mieszaninie 
przesuwa reakcje w stronę wiązania się tioestrów zasad azotwych z 
oligopeptydem (rys 4 b). 2. Istnieje korelacja pomiędzy stosunkiem zasad 
w oligonukleotydzie a stosunkiem zasad związanych z oligopeptydem (rys 4 c).
Autorzy nie mają wyjaśnienia jaki jest tego mechanizm. Ja to sobie 
wyobrażam tak: związane zasady azotowe są stabilizowane przez 
oligonukleotyd (wiązania Watsona-Cricka?) przesuwając reakcję w kierunku 
wiązania się. Co więcej określona sekwencja oligonukletydów promuje taką 
konfigurację związanych z oligopeptydem zasad która jest zbieżna z 
sekwencją oligonukletydów, gdyż wtedy wiązani DNA tPNA są najmocniejsze.
Kolejność jest taka że najpierw dochodzi do wiązania się zasad azotowych 
do oligopeptydu a później dochodzi do oddziaływania oligonukleotydu na tPNA.
marecki
19-07-2009, 21:44:06
marecki pisze:
> Lamesz pisze:
>> marecki pisze:
>>> Lamesz pisze:
>>>> Lamesz pisze:
>>>>> Witam!
>>>>>
>>>>> Czy jest na sali ktoś...
>>>>
>>>> No ludzie złoci, nie mówcie, że macie wakacje... ;>
>>>
>>> Nie mam dostępu do tego artykułu. Jeśli możesz podeślij mi go na emalie.
>>
>> Poszło. Artykuł jest ciekawy swoją drogą, bo pokazuje w działaniu 
>> polimer naturalnie łączący ze sobą białka z kwasami nukleinowymi; 
>> Autorzy nie kryją, że chodzi im także o kwestie abiogenezy. Tylko sam 
>> moment selektywnego wiązania monomerów nie do końca mnie przekonuje, 
>> bo trochę chyba nie widzę kolejności, w jakiej wiążą się ze sobą 
>> składniki.. no ale to już w tekście.
> 
> Wnioski z tego artykułu są dwa: 1 Obecność oligonukletydów w mieszaninie 
> przesuwa reakcje w stronę wiązania się tioestrów zasad azotwych z 
> oligopeptydem (rys 4 b). 2. Istnieje korelacja pomiędzy stosunkiem zasad 
> w oligonukleotydzie a stosunkiem zasad związanych z oligopeptydem (rys 4 
> c).
> Autorzy nie mają wyjaśnienia jaki jest tego mechanizm. Ja to sobie 
> wyobrażam tak: związane zasady azotowe są stabilizowane przez 
> oligonukleotyd (wiązania Watsona-Cricka?) przesuwając reakcję w kierunku 
> wiązania się. Co więcej określona sekwencja oligonukletydów promuje taką 
> konfigurację związanych z oligopeptydem zasad która jest zbieżna z 
> sekwencją oligonukletydów, gdyż wtedy wiązani DNA tPNA są najmocniejsze.
> Kolejność jest taka że najpierw dochodzi do wiązania się zasad azotowych 
> do oligopeptydu a później dochodzi do oddziaływania oligonukleotydu na 
> tPNA.

To są oczywiście tylko spekulacje. Na podstawie tych wyników nie da się 
ustalić konkretnego mechanizmu.
Lamesz
20-07-2009, 11:50:42
marecki pisze:
> Lamesz pisze:
>> marecki pisze:
>>> Lamesz pisze:
>>>> Lamesz pisze:
>>>>> Witam!
>>>>>
>>>>> Czy jest na sali ktoś...
>>>>
>>>> No ludzie złoci, nie mówcie, że macie wakacje... ;>
>>>
>>> Nie mam dostępu do tego artykułu. Jeśli możesz podeślij mi go na emalie.
>>
>> Poszło. Artykuł jest ciekawy swoją drogą, bo pokazuje w działaniu 
>> polimer naturalnie łączący ze sobą białka z kwasami nukleinowymi; 
>> Autorzy nie kryją, że chodzi im także o kwestie abiogenezy. Tylko sam 
>> moment selektywnego wiązania monomerów nie do końca mnie przekonuje, 
>> bo trochę chyba nie widzę kolejności, w jakiej wiążą się ze sobą 
>> składniki.. no ale to już w tekście.
> 
> Wnioski z tego artykułu są dwa: 1 Obecność oligonukletydów w mieszaninie 
> przesuwa reakcje w stronę wiązania się tioestrów zasad azotwych z 
> oligopeptydem (rys 4 b). 2. Istnieje korelacja pomiędzy stosunkiem zasad 
> w oligonukleotydzie a stosunkiem zasad związanych z oligopeptydem (rys 4 
> c).
> Autorzy nie mają wyjaśnienia jaki jest tego mechanizm. Ja to sobie 
> wyobrażam tak: związane zasady azotowe są stabilizowane przez 
> oligonukleotyd (wiązania Watsona-Cricka?) przesuwając reakcję w kierunku 
> wiązania się. Co więcej określona sekwencja oligonukletydów promuje taką 
> konfigurację związanych z oligopeptydem zasad która jest zbieżna z 
> sekwencją oligonukletydów, gdyż wtedy wiązani DNA tPNA są najmocniejsze.
> Kolejność jest taka że najpierw dochodzi do wiązania się zasad azotowych 
> do oligopeptydu a później dochodzi do oddziaływania oligonukleotydu na 
> tPNA.

No to też była moja pierwsza reakcja, ale skoro najpierw wiążą się 
zasady azotowe do oligopeptydu, to nie ma nic, co by sprawiało, że 
proporcja wiążących się zasad powinna być inna w obecności 
oligonukleotydu C_10 i T_10 czy w ogóle jakiejkolwiek innej matrycy. 
Przecież z artykułu wynika, że poszczególne zasady wiążą się w takich 
samych proporcjach z peptydem - w jaki niby sposób sama *obecność* 
oligonukleotydu miałaby to zmienić - bo zanim nie zwiążą się z peptydem 
zasady, nie ma chyba żadnego powinowactwa między oligonukleotydem a 
peptydem... po prostu sobie pływają obok siebie?

Inny pomysł miałem taki, że zasady wiążą się z oligonukleotydami 
wiązaniami Watsona-Cricka i dopiero potem dokleja się do nich szkielet 
peptydowy, następnie cząstka dwuniciowa dysocjuje. Tyle że to by chyba 
nie było po myśli autorów.

Pozdrawiam,
Lamesz
marecki
20-07-2009, 12:08:41
Lamesz pisze:
> marecki pisze:
>> Lamesz pisze:
>>> marecki pisze:
>>>> Lamesz pisze:
>>>>> Lamesz pisze:
>>>>>> Witam!
>>>>>>
>>>>>> Czy jest na sali ktoś...
>>>>>
>>>>> No ludzie złoci, nie mówcie, że macie wakacje... ;>
>>>>
>>>> Nie mam dostępu do tego artykułu. Jeśli możesz podeślij mi go na 
>>>> emalie.
>>>
>>> Poszło. Artykuł jest ciekawy swoją drogą, bo pokazuje w działaniu 
>>> polimer naturalnie łączący ze sobą białka z kwasami nukleinowymi; 
>>> Autorzy nie kryją, że chodzi im także o kwestie abiogenezy. Tylko sam 
>>> moment selektywnego wiązania monomerów nie do końca mnie przekonuje, 
>>> bo trochę chyba nie widzę kolejności, w jakiej wiążą się ze sobą 
>>> składniki.. no ale to już w tekście.
>>
>> Wnioski z tego artykułu są dwa: 1 Obecność oligonukletydów w 
>> mieszaninie przesuwa reakcje w stronę wiązania się tioestrów zasad 
>> azotwych z oligopeptydem (rys 4 b). 2. Istnieje korelacja pomiędzy 
>> stosunkiem zasad w oligonukleotydzie a stosunkiem zasad związanych z 
>> oligopeptydem (rys 4 c).
>> Autorzy nie mają wyjaśnienia jaki jest tego mechanizm. Ja to sobie 
>> wyobrażam tak: związane zasady azotowe są stabilizowane przez 
>> oligonukleotyd (wiązania Watsona-Cricka?) przesuwając reakcję w 
>> kierunku wiązania się. Co więcej określona sekwencja oligonukletydów 
>> promuje taką konfigurację związanych z oligopeptydem zasad która jest 
>> zbieżna z sekwencją oligonukletydów, gdyż wtedy wiązani DNA tPNA są 
>> najmocniejsze.
>> Kolejność jest taka że najpierw dochodzi do wiązania się zasad 
>> azotowych do oligopeptydu a później dochodzi do oddziaływania 
>> oligonukleotydu na tPNA.
> 
> No to też była moja pierwsza reakcja, ale skoro najpierw wiążą się 
> zasady azotowe do oligopeptydu, to nie ma nic, co by sprawiało, że 
> proporcja wiążących się zasad powinna być inna w obecności
> oligonukleotydu C_10 i T_10 czy w ogóle jakiejkolwiek innej matrycy. 
Jest. Gdy w reakcji nie ma oligonukleotydów równowaga reakcji utrzymuje 
się na poziomie 1:1 (związane zasady: wolne związane). Obecność 
oligonukleotydu przesuwa tą równowagę w stronę 3:1.

> Przecież z artykułu wynika, że poszczególne zasady wiążą się w takich 
> samych proporcjach z peptydem - w jaki niby sposób sama *obecność* 
> oligonukleotydu miałaby to zmienić - bo zanim nie zwiążą się z peptydem 
> zasady, nie ma chyba żadnego powinowactwa między oligonukleotydem a 
> peptydem... po prostu sobie pływają obok siebie?

Zasady azotowe wiążą się przypadkowo z oligopeptydem. Dopiero wtedy 
dochodzi do oddziaływania oligopeptydu (z zasadami) z oligonukleotydem. 
Najmocniejsze wiązanie będą wtedy gdy sekwencja zasad na oligopeptydzie 
będzie zbieżna (komplementarna) z sekwencją na oligonukletydu, co za tym 
idzie w tych konfiguracjach dojdzie do największego przesunięcia 
równowania reakcji w stronie wiązania się zasad z oligopeptydem. Co za 
tym idzie w mieszaninie takich konfiguracji będzie najwięcej.
marecki
20-07-2009, 12:16:12
marecki pisze:
> Lamesz pisze:
>> marecki pisze:
>>> Lamesz pisze:
>>>> marecki pisze:
>>>>> Lamesz pisze:
>>>>>> Lamesz pisze:
>>>>>>> Witam!
>>>>>>>
>>>>>>> Czy jest na sali ktoś...
>>>>>>
>>>>>> No ludzie złoci, nie mówcie, że macie wakacje... ;>
>>>>>
>>>>> Nie mam dostępu do tego artykułu. Jeśli możesz podeślij mi go na 
>>>>> emalie.
>>>>
>>>> Poszło. Artykuł jest ciekawy swoją drogą, bo pokazuje w działaniu 
>>>> polimer naturalnie łączący ze sobą białka z kwasami nukleinowymi; 
>>>> Autorzy nie kryją, że chodzi im także o kwestie abiogenezy. Tylko 
>>>> sam moment selektywnego wiązania monomerów nie do końca mnie 
>>>> przekonuje, bo trochę chyba nie widzę kolejności, w jakiej wiążą się 
>>>> ze sobą składniki.. no ale to już w tekście.
>>>
>>> Wnioski z tego artykułu są dwa: 1 Obecność oligonukletydów w 
>>> mieszaninie przesuwa reakcje w stronę wiązania się tioestrów zasad 
>>> azotwych z oligopeptydem (rys 4 b). 2. Istnieje korelacja pomiędzy 
>>> stosunkiem zasad w oligonukleotydzie a stosunkiem zasad związanych z 
>>> oligopeptydem (rys 4 c).
>>> Autorzy nie mają wyjaśnienia jaki jest tego mechanizm. Ja to sobie 
>>> wyobrażam tak: związane zasady azotowe są stabilizowane przez 
>>> oligonukleotyd (wiązania Watsona-Cricka?) przesuwając reakcję w 
>>> kierunku wiązania się. Co więcej określona sekwencja oligonukletydów 
>>> promuje taką konfigurację związanych z oligopeptydem zasad która jest 
>>> zbieżna z sekwencją oligonukletydów, gdyż wtedy wiązani DNA tPNA są 
>>> najmocniejsze.
>>> Kolejność jest taka że najpierw dochodzi do wiązania się zasad 
>>> azotowych do oligopeptydu a później dochodzi do oddziaływania 
>>> oligonukleotydu na tPNA.
>>
>> No to też była moja pierwsza reakcja, ale skoro najpierw wiążą się 
>> zasady azotowe do oligopeptydu, to nie ma nic, co by sprawiało, że 
>> proporcja wiążących się zasad powinna być inna w obecności
>> oligonukleotydu C_10 i T_10 czy w ogóle jakiejkolwiek innej matrycy. 
> Jest. Gdy w reakcji nie ma oligonukleotydów równowaga reakcji utrzymuje 
> się na poziomie 1:1 (związane zasady: wolne związane). Obecność 
> oligonukleotydu przesuwa tą równowagę w stronę 3:1.
> 
>> Przecież z artykułu wynika, że poszczególne zasady wiążą się w takich 
>> samych proporcjach z peptydem - w jaki niby sposób sama *obecność* 
>> oligonukleotydu miałaby to zmienić - bo zanim nie zwiążą się z 
>> peptydem zasady, nie ma chyba żadnego powinowactwa między 
>> oligonukleotydem a peptydem... po prostu sobie pływają obok siebie?
> 
> Zasady azotowe wiążą się przypadkowo z oligopeptydem. Dopiero wtedy 
> dochodzi do oddziaływania oligopeptydu (z zasadami) z oligonukleotydem. 
> Najmocniejsze wiązanie będą wtedy gdy sekwencja zasad na oligopeptydzie 
> będzie zbieżna (komplementarna) z sekwencją na oligonukletydu, co za tym 
> idzie w tych konfiguracjach dojdzie do największego przesunięcia 
> równowania reakcji w stronie wiązania się zasad z oligopeptydem. Co za 
> tym idzie w mieszaninie takich konfiguracji będzie najwięcej.

Oddziaływanie oligonukleotydu nie musi oczywiście pojawiać się dopiero 
po pełnym wysyceniu oligonukleotydu zasadami azotowymi, ale np w 
połowie. Wtedy jego obecność będzie ułatwiać odpowiednim 
(komplementarnym) zasadom wiązanie z oligopeptydem.
Lamesz
20-07-2009, 12:32:40
marecki pisze:
> marecki pisze:
>> Lamesz pisze:
>>> marecki pisze:
>>>> Lamesz pisze:
>>>>> marecki pisze:
>>>>>> Lamesz pisze:
>>>>>>> Lamesz pisze:
>>>>>>>> Witam!
>>>>>>>>
>>>>>>>> Czy jest na sali ktoś...
>>>>>>>
>>>>>>> No ludzie złoci, nie mówcie, że macie wakacje... ;>
>>>>>>
>>>>>> Nie mam dostępu do tego artykułu. Jeśli możesz podeślij mi go na 
>>>>>> emalie.
>>>>>
>>>>> Poszło. Artykuł jest ciekawy swoją drogą, bo pokazuje w działaniu 
>>>>> polimer naturalnie łączący ze sobą białka z kwasami nukleinowymi; 
>>>>> Autorzy nie kryją, że chodzi im także o kwestie abiogenezy. Tylko 
>>>>> sam moment selektywnego wiązania monomerów nie do końca mnie 
>>>>> przekonuje, bo trochę chyba nie widzę kolejności, w jakiej wiążą 
>>>>> się ze sobą składniki.. no ale to już w tekście.
>>>>
>>>> Wnioski z tego artykułu są dwa: 1 Obecność oligonukletydów w 
>>>> mieszaninie przesuwa reakcje w stronę wiązania się tioestrów zasad 
>>>> azotwych z oligopeptydem (rys 4 b). 2. Istnieje korelacja pomiędzy 
>>>> stosunkiem zasad w oligonukleotydzie a stosunkiem zasad związanych z 
>>>> oligopeptydem (rys 4 c).
>>>> Autorzy nie mają wyjaśnienia jaki jest tego mechanizm. Ja to sobie 
>>>> wyobrażam tak: związane zasady azotowe są stabilizowane przez 
>>>> oligonukleotyd (wiązania Watsona-Cricka?) przesuwając reakcję w 
>>>> kierunku wiązania się. Co więcej określona sekwencja oligonukletydów 
>>>> promuje taką konfigurację związanych z oligopeptydem zasad która 
>>>> jest zbieżna z sekwencją oligonukletydów, gdyż wtedy wiązani DNA 
>>>> tPNA są najmocniejsze.
>>>> Kolejność jest taka że najpierw dochodzi do wiązania się zasad 
>>>> azotowych do oligopeptydu a później dochodzi do oddziaływania 
>>>> oligonukleotydu na tPNA.
>>>
>>> No to też była moja pierwsza reakcja, ale skoro najpierw wiążą się 
>>> zasady azotowe do oligopeptydu, to nie ma nic, co by sprawiało, że 
>>> proporcja wiążących się zasad powinna być inna w obecności
>>> oligonukleotydu C_10 i T_10 czy w ogóle jakiejkolwiek innej matrycy. 
>> Jest. Gdy w reakcji nie ma oligonukleotydów równowaga reakcji 
>> utrzymuje się na poziomie 1:1 (związane zasady: wolne związane). 
>> Obecność oligonukleotydu przesuwa tą równowagę w stronę 3:1.
>>
>>> Przecież z artykułu wynika, że poszczególne zasady wiążą się w takich 
>>> samych proporcjach z peptydem - w jaki niby sposób sama *obecność* 
>>> oligonukleotydu miałaby to zmienić - bo zanim nie zwiążą się z 
>>> peptydem zasady, nie ma chyba żadnego powinowactwa między 
>>> oligonukleotydem a peptydem... po prostu sobie pływają obok siebie?
>>
>> Zasady azotowe wiążą się przypadkowo z oligopeptydem. Dopiero wtedy 
>> dochodzi do oddziaływania oligopeptydu (z zasadami) z 
>> oligonukleotydem. Najmocniejsze wiązanie będą wtedy gdy sekwencja 
>> zasad na oligopeptydzie będzie zbieżna (komplementarna) z sekwencją na 
>> oligonukletydu, co za tym idzie w tych konfiguracjach dojdzie do 
>> największego przesunięcia równowania reakcji w stronie wiązania się 
>> zasad z oligopeptydem. Co za tym idzie w mieszaninie takich 
>> konfiguracji będzie najwięcej.
> 
> Oddziaływanie oligonukleotydu nie musi oczywiście pojawiać się dopiero 
> po pełnym wysyceniu oligonukleotydu zasadami azotowymi, ale np w 
> połowie. Wtedy jego obecność będzie ułatwiać odpowiednim 
> (komplementarnym) zasadom wiązanie z oligopeptydem.

Hmhm. Powtórzę po swojemu, żeby się upewnić, że rozumiem. Czyli, inaczej 
mówiąc, oligonukleotydy oddziałują z oligopeptydami, w których część 
miejsc wiązania jest zajętych przez zasady azotowe; a oddziaływanie jest 
czułe na sekwencję. Już PO zetknięciu się następuje wiązanie kolejnych 
zasad azotowych ze szkieletem peptydowym, i wiązanie to będzie 
"preferowało" zasady komplementarne z przyległymi zasadami oligonukleotydu.

Czyli do momentu, do którego nie zaczną się wiązać oligonukleotydy, 
proporcje zasad związanych z peptydami są 1:1, i dopiero potem ich 
obecność wymusza wiązanie się zasad komplementarnych? Czyli z tego 
wynika, że w ostatecznym rozrachunku część peptydów będzie posiadała 
stechiometryczne składy zasad azotowych, bo nie zdołały przyciągnąć 
żadnego oligonukleotydu, i tylko te, które wykazały wystarczająco silną 
specyficzność, są potem całkowicie zaludnione zasadami jednego typu?

Czy to znaczy, że dla roztworu z, dajmy na to, oligonukleotydem z samymi 
  tyminami, będzie spora populacja oligopeptydów z samymi lub prawie 
samymi tioestrami adeniny i "normalna" statystycznie populacja tych z 
mieszaniną do progu, od którego wiąże się oligonukleotyd, i 
niedoreprezentowana populacja z proporcjami pośrednimi, np. rzędu 75% 
adeniny?

Pozdrawiam,
Lamesz
marecki
20-07-2009, 18:31:50
Lamesz pisze:

> Hmhm. Powtórzę po swojemu, żeby się upewnić, że rozumiem. Czyli, inaczej 
> mówiąc, oligonukleotydy oddziałują z oligopeptydami, w których część 
> miejsc wiązania jest zajętych przez zasady azotowe; a oddziaływanie jest 
> czułe na sekwencję. Już PO zetknięciu się następuje wiązanie kolejnych 
> zasad azotowych ze szkieletem peptydowym, i wiązanie to będzie 
> "preferowało" zasady komplementarne z przyległymi zasadami oligonukleotydu.
> 
> Czyli do momentu, do którego nie zaczną się wiązać oligonukleotydy, 
> proporcje zasad związanych z peptydami są 1:1, i dopiero potem ich 
> obecność wymusza wiązanie się zasad komplementarnych? Czyli z tego 
> wynika, że w ostatecznym rozrachunku część peptydów będzie posiadała 
> stechiometryczne składy zasad azotowych, bo nie zdołały przyciągnąć 
> żadnego oligonukleotydu, i tylko te, które wykazały wystarczająco silną 
> specyficzność, są potem całkowicie zaludnione zasadami jednego typu?
> 
> Czy to znaczy, że dla roztworu z, dajmy na to, oligonukleotydem z samymi 
>  tyminami, będzie spora populacja oligopeptydów z samymi lub prawie 
> samymi tioestrami adeniny i "normalna" statystycznie populacja tych z 
> mieszaniną do progu, od którego wiąże się oligonukleotyd, i 
> niedoreprezentowana populacja z proporcjami pośrednimi, np. rzędu 75% 
> adeniny?

Ja to tak interpretuje. Pozostaje tylko kwestia w jaki sposób 
oligonuklotyd wpływa na reakcje wiązania się zasad azotowych. 
Najprostsze wyjaśnienie może być takie że wolna zasada azotowa jest 
przytrzymywana przez odpowiednią zasadę w oligonukleotydzie poprzez 
wiązania wodorowe. Wystarczy żeby wolna zasada była nieco dłużej w 
pobliżu grupy SH cysteiny aby przesunąć równowagę reakcji w stronę wiazania.
Lamesz
20-07-2009, 19:43:52
marecki pisze:
> Lamesz pisze:
> 
>> Hmhm. Powtórzę po swojemu, żeby się upewnić, że rozumiem. Czyli, 
>> inaczej mówiąc, oligonukleotydy oddziałują z oligopeptydami, w których 
>> część miejsc wiązania jest zajętych przez zasady azotowe; a 
>> oddziaływanie jest czułe na sekwencję. Już PO zetknięciu się następuje 
>> wiązanie kolejnych zasad azotowych ze szkieletem peptydowym, i 
>> wiązanie to będzie "preferowało" zasady komplementarne z przyległymi 
>> zasadami oligonukleotydu.
>>
>> Czyli do momentu, do którego nie zaczną się wiązać oligonukleotydy, 
>> proporcje zasad związanych z peptydami są 1:1, i dopiero potem ich 
>> obecność wymusza wiązanie się zasad komplementarnych? Czyli z tego 
>> wynika, że w ostatecznym rozrachunku część peptydów będzie posiadała 
>> stechiometryczne składy zasad azotowych, bo nie zdołały przyciągnąć 
>> żadnego oligonukleotydu, i tylko te, które wykazały wystarczająco 
>> silną specyficzność, są potem całkowicie zaludnione zasadami jednego 
>> typu?
>>
>> Czy to znaczy, że dla roztworu z, dajmy na to, oligonukleotydem z 
>> samymi  tyminami, będzie spora populacja oligopeptydów z samymi lub 
>> prawie samymi tioestrami adeniny i "normalna" statystycznie populacja 
>> tych z mieszaniną do progu, od którego wiąże się oligonukleotyd, i 
>> niedoreprezentowana populacja z proporcjami pośrednimi, np. rzędu 75% 
>> adeniny?
> 
> Ja to tak interpretuje. Pozostaje tylko kwestia w jaki sposób 
> oligonuklotyd wpływa na reakcje wiązania się zasad azotowych. 
> Najprostsze wyjaśnienie może być takie że wolna zasada azotowa jest 
> przytrzymywana przez odpowiednią zasadę w oligonukleotydzie poprzez 
> wiązania wodorowe. Wystarczy żeby wolna zasada była nieco dłużej w 
> pobliżu grupy SH cysteiny aby przesunąć równowagę reakcji w stronę 
> wiazania.

No tak, to by było sensownie. Dzięki za pomoc!

Pozdrawiam,
Lamesz


Podobne tematy:
Mam Problem
Problem z serwerem rozwizany
More FPS? No problem :)
Pierwszy poważny problem...
Problemy z zalogowaniem
Artykuł o paintballu
Pozostałe artykuły z www.paintball.info.pl.